温州港现拥有市区老港区、杨府山、龙湾、七里、小门岛等五个港区及一批货主码头。全港共有生产性泊位45个，其中深水泊位4个，最大泊位为5万吨级。500～5000吨级泊位18个。

市区老港区主要停靠内贸中小型船舶，承担温州港陆客运及部分件杂货的吞吐任务，年货运通过能力30万吨，客运150万人次。 杨府山港区主要承运煤炭装卸任务及市区中转的件杂货，年通过能力为95万吨。杨府山浦西港区工程总投资5000万元，设计通过能力35万吨，建成5000和3000吨级码头各一座。

龙湾港区是温州瓯江南岸最大的码头，其一、二期工程共拥有4个万吨级泊位。龙湾一期工程于上世纪九十年代建成投入使用，主要承担内贸集装箱和散杂货业务。龙湾港区二期工程于2003年开工建设，总投资1.985亿元，建设规模为万吨级泊位二个，其中多用途泊位一个，煤炭、散货泊位一个，年设计通过能力65万吨，其主体码头已于2005年12月28日投入试生产。龙湾港区二期工程完成后，将为温州港各个港区的功能规划调整奠定坚实的基础，届时将为杨府山煤炭功能东移提供基础设施保证。国家战备工程龙湾滚装码头，其主体工程（包括码头堆场、道路施工及与龙湾港区道路接坡工作）已完成并投入使用。

七里港区是集深水泊位及小型泊位于一体的综合性港区，七里港区一期工程建有东半部1.5万吨级码头和西半部2.5万吨级码头，设计年通过能力231万吨，并于2001年3月31日正式投入试运行。七里港区一期工程的建设不仅有力地推进港口建设，缓和龙湾港区超负荷运行的压力，而且为港口工程项目实行"边建设边生产"方针作了积极的探索。七里港区二期工程总投资约5.4亿元，建设规模为2个2.5万吨级集装箱专用泊位及附属配套设施，设计年处理集装箱30万TEU，已于2005年12月26日正式开工建设。随着宽50米的疏港大道的接通并投入使用，七里港区可以更加便捷地连入104国道及甬台温高速，同时进港航道目前已经浚深至-5.5米（ "十五"期间要达到-7米），届时将进一步提高七里港区的集疏运能力。

小门岛港区位于温州市洞头县小门岛，建有温州目前最大的5万吨级油气专用码头，是一个优良的天然深水码头。

目前温州港务集团共拥有大型集装箱装卸运输设备近30门，集装箱运输车辆有200多辆，自2003年起每年都新购和引进一定数量的先进设备，其中较先进的有集装箱装卸桥、大型轮胎式龙门吊、意大利CVS正面吊及其他各类大中小型设备，不断增强自身的实力。为确保集装箱船舶进出港靠泊码头的安全，另新购置一艘3200匹马力360度转向车叶拖轮，目前全港共有大小拖轮5艘。